La Dirección de Áreas Naturales Protegidas tiene como propósito Conservar las Áreas Naturales Protegidas Estatales, Corredores Biológicos, Sitios Prioritarios de Conservación y su biodiversidad, administrando los recursos naturales a través de la gestión de recursos financieros y humanos para su protección, así como proteger los ecosistemas más representativos del estado a través del establecimiento, creación y administración de las Áreas Naturales Protegidas Estatales bajo sus diferentes categorías, Corredores Biológicos y Sitios Prioritarios de Conservación y gestionar los procedures necesarios para la conservación y administración adecuada de la vida silvestre.

• Realizar acciones de protección y conservación en Áreas Naturales Protegidas Estatales, Corredores Biológicos, Sitios Prioritarios de Conservación a través de la generación y evaluación de los planes y/o programas de manejo.
• Crear Áreas Naturales Protegidas Estatales, bajo las diferentes categorías que establecen las Leyes vigentes en la materia.
• Realizar actividades necesarias para que se lleve a cabo la creación, ampliación o redelimitación de las áreas naturales protegidas estatales.
• Desarrollar estudios técnicos conducentes para identificar y valorar los servicios ambientales que brindan las áreas naturales protegidas y zonas de influencia para la protección de los recursos naturales.
• Promover la participación de los habitantes de las localidades que se definen como estratégicas al interior de las áreas naturales protegidas y zonas de influencia para la implementación de instrumentos e incentivos de carácter jurídico y económico, para la conservación y el desarrollo de capacidades para la autogestión de proyectos.
• Planear, recopilar y sistematizar la información sobre los recursos bióticos del Estado, para su puesta en línea en el Sistema Estatal de Información Ambiental.
• Establecer y desarrollar estrategias de trabajo de las estaciones biológicas y/o de campo para la estancia y formación de investigadores y estudiantes locales, nacionales y extranjeros.
• Compilar información, técnica, científica y tecnológica de la vida silvestre en el Estado.
• Proporcionar información útil para la elaboración de los estudios técnicos justificativos, decretos y planes de manejo de las Áreas Naturales Protegidas de carácter Estatal.
• Establecer propuestas y proyectos viables para la conservación y administración de la diversidad biológica del Estado.
• Administrar información pertinente sobre las unidades de manejo y aprovechamiento sustentable (UMAS) en las Áreas Naturales Protegidas Estatales, Sitios Prioritarios de Conservación y Corredores Biológicos.
• Generar, desarrollar y evaluar proyectos necesarios relacionados con la protección, conservación, manejo y reproducción de especies de flora y fauna silvestres que son del interés del Estado.
• Establecer mecanismos de control y aplicar, en el ámbito de su competencia, medidas que permitan disminuir los impactos negativos sobre los diversos hábitats silvestres en las áreas naturales protegidas, sitios prioritarios y corredores biológicos administrados por la Secretaría.
• Asesorar a dependencias federales, estatales y municipales sobre la conservación, protección y administración adecuada de recursos naturales en las áreas naturales protegidas, sitios prioritarios para la conservación y corredores biológicos, responsabilidad de la Secretaría.
• Gestionar y promover la participación de los habitantes de las localidades vecinas para lograr su incorporación en las actividades de protección, vigilancia, ordenamiento ecológico territorial y uso sustentable de los recursos naturales.